早在華航空難以前，陳水扁總統就知道林毅夫想回台灣。至少，兩周前，國安會即已針對林毅夫返台的各種狀況舉行工作會議，會中爭論激烈，最後結論是以不同意林員返台為宜。

國安會高層官員指出，國安會之所以針對此事開會，係因國安會獲悉林毅夫「正透過各種管道運作返台」；國安會秘書長邱義仁在會中仔細傾聽，並未明確表達個人意見，但會後已將結論送交陳總統。

國安局資深情報官員則證實，為林毅夫奔走的人士，國、民、親、新四黨都有。參與運作的三黨人士，以立委為主；新黨也有一位卸任立委獻力。情報官員的說法：國民黨方面，最高階層包括一位「曾赴大陸的現任副主席」；民進黨方面，則包括「稍早前被捲入兩岸密使風波的立委」。

為了林毅夫返台這個燙手山芋，國安會前後開過兩次會。據指出，兩次會議的氣氛很不一樣。前一次的內部工作會議，內部多表反對。部分軍方背景人員指出，「政府若貿然同意，必將嚴重打擊國軍士氣和法律尊嚴；如果叛逃者可規避責任追究，國軍將更不知為何而戰」。不過，當專案會議正式召開後，會議氣氛就變得很詭譎，連國防部方面都欲言又止。

在國安會內部工作會議以前，國安會曾彙整法律實務意見與學者觀點，結果有逾八成受訪者傾向認為，現行法條雖仍有疑義，但依法理研析，林毅夫敵前叛逃若屬實，法律追訴期限應理為廿五年，而非一般案件的廿年。

國安會內部現仍有很多軍職人員；新任諮詢委員蘇進強畢業於陸官四十五期，還是林毅夫晚一期的學弟。據了解，這些軍職人員的情緒已經開始反彈。

國安會內部研判，政府同意林毅夫返台後，一旦有軍事檢察官逕自發動偵察動作，事情就會變得很難辦。

【2002/06/11 聯合報】