內定法務部長陳定南在新政府高舉掃黑肅貪的旗幟下，主張法務部調查局的政治偵防工作回歸國家安全局，另成立廉政署、緝毒署，讓調查局之名走入歷史，引起調查局反彈，陳定南的強勢作風，也讓他與調查局的關係還未上任就跌入冰點。過去的調查局，從來不是法務部長所能駕馭的：除了廖正豪從調查局長升法務部長初期，有效掌控調查局一段時間外，其餘的部長對調查局人事均不願也無從置喙；調查局的真正老闆其實是國安局，調查局長只要扛出國安局交付的「政治偵防」任務之名，連法務部長都不敢輕攖其鋒。陳定南日前陪同陳水扁到調查局聽簡報時也稱，調查局人事，非法務部能主動，須尊重並與國安局協調；既然無法指揮調查局，何不乾脆把政治偵防業務還給國安局，把掌握調查局的幕後黑手斬斷？或許這是陳定南的如意算盤，但無疑也打中調查局內部國安局人馬的要害，因為少了國安局這塊擋箭牌，專責肅貪、緝毒、查賄選的調查局就沒理由不接受法務部長的全權指揮了。
調查局的路線之爭吵了多年，調查局分受法務部及國安局指揮，藉司法之名行政治偵防之實，充作當政者的耳目，淪為政爭工具，有違司法正義也遭批評甚多，因此連基層調查員也發出希望任務單純化的呼聲。
值此政權交替，國人對掃蕩黑金、法治清明期待日殷之際，陳定南的政治偵防回歸國安局之議，其實是值得討論的。如果能有適當配套的改革規劃，譬如將調查局承辦政治偵防的人員移撥國安局，或將軍事情報局納入政治偵防編制，既可解決國安局有將無兵的問題，又可袪除調查局治安、情治單位不分的尷尬，何樂不為？但要完成這項改革，除須克服人員配置問題，調查局高層與國安局肯否放棄掌控人事的權力，可能才是最大的難題。
調查局敢和長官唱反調，正在於調查局有兩個「娘」──法務部、國家安全局。調查局在處理刑事偵查犯罪案件時，法務部是「娘」承辦有關政治偵防國家安全業務時， 國安局也成了他「娘」。
兩個娘都可以管調查局，於是，兩個娘就會爭權比大小，做兒子的調查局於是不得不看臉色，分出哪個是大娘、誰是小娘後，多聽大娘的話，對小娘則採應付的心態，甚至索性不理。
國家安全局、法務部誰大？在調查局心中自有定見。長期顯現出來的是：國安局是調查局的「大娘」、法務部是小娘。這也正是長期以來法務部長拿調查局沒轍的原因。
法務部調查局曾因路線之爭而發生激烈角力，前任法務部長廖正豪在執掌調查局時重視犯罪偵防業務，忽視政治偵防業務，導致調查局的另一個老闆、國家安全局非常不滿，殷宗文曾在一次聚會當中，當面指責調查局的高層官員「不務正業」。
後來調查局發生廖、程鬥爭事件，外傳程泉因能配合國家安全局加強政治偵防的業務，所以國安局默許程泉翻臉與廖正豪展開爭鬥，最後程廖兩敗俱傷，但國安局重新掌控調查局，調查員工作改弦易轍，以政治偵防業務為重，全面推動「八二○專案」。
陳水扁昨天親自到調查局聽取簡報，親口宣布要提升調查局位階，振奮所有調查員的士氣。不過，陳水扁指出調查局的犯罪防治工作仍有進步空間，尤其肅貪對象應到「打老虎」的層級，並考慮將廉政處與法務部政風司合併為廉政總署，言下之意，調查局仍須肩負犯罪防治的重擔，調查局是否又要掀起路線之爭，值得觀察。
長久以來，調查局一直有法務部、國安局兩個老闆，使調查局工作重點搖擺不定，陳水扁雖許給調查局一個「國家級」的未來，但仍未解決調查局的老問題。在新政府強調建立廉能有效率的政府之際，或許只有透過政府再造，明確訂定調查局的隸屬關係，才能確立調查局的地位和屬性 。
有人批評陳定南部長的作風，認為他過於苛刻嚴厲，甫上任即以如此強硬態度對待調查局，對其施政自然橫增阻力。但是，也有人肯定陳部長勇於任事的魄力，認為「矯枉必須過正」，否則如何能夠衝破反黑金的重重障礙而陳部長自己則說，法務部和調查局之間的衝突由來已久，並非他上任才有的問題。我們卻認為，法務部和調查局之間的衝突，在「政黨輪替」之後照樣發生，可見主事之人或政黨的問題還在其次，調查局的體制定位不當，才是病根所在。倘若像陳定南部長這樣強勢的法務部長，仍然對調查局有無力感，則更可反證調查局的體制定位問題已達非改革不可的地步了。
調查局的體制定位問題，可以概括地描述為「雙重結構的雙頭馬車」：
第一，在憲政層次上，有總統和行政院長兩個老闆，這是第一個雙頭馬車；
第二，在司法行政層次上，有檢察官和調查局長兩個老闆，這則是第二個雙頭馬車 。因為體制定位和指揮體系如此紊亂，所以調查局應以政治偵防或者犯罪偵防為業務重點之爭，「選擇性辦案」及「吃案」之弊，也就層出不窮。
先談調查局在憲政層次上的雙頭馬車問題。調查局在行政體系的上級長官依序為法務部長、行政院長；但是，總統主導的國安會下轄國安會，依其組織法又對包括調查局在內的所有情治機關有統合督導權。因而，調查局一方面在法務部屬下編列預算、進用人員，執行司法警察的工作；另一方面又須聽國安局指揮，接受國安局轉來的秘密預算，執行政治偵防以及政情調查的工作。如果法務部長要求調查局的工作重點置於反黑金，國安局就會有意見，甚至曾有國安局長公開指責調查局偵辦犯罪案件過多是「不務正業」。同理，對於調查局的人事安排，包括局長在內，也會因為對調查局的定位和業務重點理念不同，而產生法務部和國安局的角力。在國民黨主政時代，法務部長和調查局長之爭（其實應該正名為法務部長和國安局長之爭），通常以法務部長下台收場；這是因為總統的實際權力高於行政院長，而總統又往往傾向國安局長的立場，遂致法務部長管不動調查局。如今，民進黨執政，調查局在憲政層次上雙頭馬車的問題依舊，除非陳水扁總統明確地下令國安局和調查局充分配合陳定南部長，否則陳部長在指揮調查局，還是會有力不從心的感覺。
其次，調查局在司法層次亦有雙頭馬車的問題。如陳部長所說，調查局的指揮體系是金字塔式的中央集權體制；調查員對每件案子的偵辦，尤其是涉及政治人物、民意代表、高官以及大財團的所謂「敏感案件」，各項偵查行動都必須上報局本部裁奪。甚至在特定案件訊問被告、偵查、搜索、監聽後，發現重要事證，亦須局本部點頭，才能整理出來，提供給檢察官。只要局本部不同意，則約談不進行、搜索不准、證據資料不拿出來，甚至訊問筆錄也會刪節或避重就輕。反之，一旦局本部要徹底偵辦某件案子，則辦案者就會全面動員，毫不放鬆。這樣一來，檢察官雖是偵查刑事案件名義上的主體，而謂調查員須聽檢察官指揮；但因實際權力操縱在調查局的長官手裡，調查員其實是聽命於局本部長官辦案。這就是調查局在司法層次的雙頭馬車的問題。而且，調查局司法層次和憲政層次的雙頭馬車問題是有關聯的。因為，調查局既然深知憲政層次上雙頭馬車問題的矛盾衝突，則任何人擔任局長，都很容易從中得出案件該如何處理的政治性結論，並據此決定行止、約束所屬調查員；如此一來，檢察官當然指揮不動調查員，也顯然不可能有案件就一定偵辦到底。
要解決這樣的困境，最徹底的辦法當是修憲釐清憲政體制，以確定總統或行政院長究竟誰才是最高行政首長；然後據此整合情治系統，將國安局、調查局的職掌以及隸屬關係重新架構。在此之前，我們建議採取國安局、調查局分治的辦法，作為暫時性的處置。亦即：將調查局承辦政治偵防業務的人力、物力全數移交國安局；國安局有了執行人員之後，即可由國安局自理其相關業務；另一方面，調查局只保留犯罪偵防的業務，即徹底歸屬法務部指揮管制，切斷國安局的牽絆，讓法務部長能放手指揮調查局做事。陳定南部長另行成立「廉政署」、調查局其他業務交由國安局接手指揮的構想，用意與我們的建議相同；但比較兩案立法程序的繁簡、所耗經費的多寡以及能否儘量利用現有機制之後，我們的建議可行性應較「廉政署」的方案稍高一些。至於司法執行層次，則在調查局的體制定位釐清之後，必須建立調查員和檢察官之間更緊密的指揮聯繫機制；調查局本部只是一個提供行政協調和後勤支援的單位，而不具案件指揮實權，以確立檢察官為偵查主體的偵查體制，達成徹底執法的目標。
所謂「工欲善其事，必先利其器」，政府既以反黑金為首要施政目標，則不能不解決執法機關「反黑金團隊」的整合問題。否則，政府各機關忙於內鬥，又如何對付黑金勢力呢？