| 陳水扁今天宣誓就任中華民國第十任總統，啟始「全民政府、全民總統」的新紀元。可是，當選得票率只有百分之卅九點三的陳總統，尚未就任便已面臨民進黨內派系傾軋、新政府與立院政策爭議、總統與閣員、民進黨中央政策理念無法契合等內部隱憂，如果再加上影響國家安全甚鉅的兩岸問題，陳總統就任初期承擔的責任顯然很重。
連日來，桃園縣與台南縣的代理縣長之爭，不但攪亂了陳水扁就任總統前維持內部安定的起碼布局，更為了這項爭議，導致內定國科會主委陳唐山「拒絕」出任新職，讓陳總統的新領導權威面臨嚴苛的挑戰。
陳水扁第二項挑戰是，新政府日後的實質體制運作將有別於過去，採「傾向總統制的雙首長制」，決策由行政院部會首長決定，並同時向總統及行政院長負責。可是在陳水扁未就任前，便已出現核四續建與否、新閣員理念是否與民進黨理念契合及增稅與否的爭議。由於陳水扁在選前開出許多政策支票，如何兌現端賴新政府的執行與落實，在民進黨並非國會多數黨，而新政府又是跨黨派組合情況下，總統、行政院、立法院與民進黨間的互動，都將是陳總統必須面對的難題。
陳水扁第三項挑戰是兩岸關係，也是陳總統就任後最大、最難突破的問題。陳水扁的就職演說引起關切原因，說穿了就是在中共不斷的威嚇及國際間有高度期待下，必須在就職演說中，就兩岸關係提出理想的銓釋與未來互動的方向。當陳水扁當選後不斷對中共釋放善意的作法，顯示他絕對有誠意化解兩岸的分歧；可是，對中共堅持陳水扁必須在「一個中國」前提下提出兩岸政策主張，陳水扁如何從國內統獨意見分歧及國際期待中取得平衡點，端賴陳水扁團隊的政治智慧。
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